內藏式冷藏集裝箱是在隔熱結構集裝箱內安裝冷凍機，無論在 船上、碼頭、陸運中，只要供給電源，箱內即可保持果蔬運輸所需 溫度。內藏式冷集裝箱目前都采用自動調節(jié)溫度，一般保持在零下 28°C的溫度范圍，所以應用較為廣泛，效果也佳。

很多貨主在出口冷藏貨物裝箱的時候，會將冷藏集裝箱預冷到設定溫度，這種做法其實有可能會對貨物和冷藏集裝箱兩者都帶來不良影響，這是不科學的做法，會因此不能的集裝箱冷藏(凍)運輸。

在二手冷藏集裝箱制冷裝置運行過程中，蒸發(fā)器盤管上會形成冰層，這取決于設定溫度、貨物溫度、通風裝置的新風量和貨物濕度。制冷裝置會定期進入除霜狀態(tài)，一系列電加熱裝置會產生熱量或向蒸發(fā)器盤管內吹入熱空氣。此時所有風扇將停止旋轉，以防止熱空氣進入貨艙。但是，由于回風溫度傳感器位于制冷機組附近，因此可能會記錄溫度升高。因此，除非經過數(shù)據(jù)記錄軟件處理，否則溫度記錄會顯示與除霜間隔一致的周期性溫升。如果除霜時間很短，每小時的溫度讀數(shù)和除霜時間可能會有一些差異。