污染物排放上，甲醇制氫過程相對(duì)清潔。與傳統(tǒng)的煤制氫相比，煤制氫過程中除了產(chǎn)生大量的 CO?外，還會(huì)產(chǎn)生諸如二氧化硫（SO?）、氮氧化物（NOx）、粉塵等污染物。在煤炭氣化過程中，煤炭中的硫元素會(huì)轉(zhuǎn)化為 SO?排放到大氣中，對(duì)空氣造成嚴(yán)重污染，形成酸雨等環(huán)境問題 。

而甲醇制氫以甲醇價(jià)格 2500 元 噸計(jì)算，生產(chǎn) 1 標(biāo)準(zhǔn)立方米氫氣消耗原料甲醇約 0.65kg ，原料成本約為 1.625 元 ，甲醇制氫在原料成本上相對(duì)較低。在設(shè)備投資方面，天然氣制氫裝置通常規(guī)模較大，設(shè)備復(fù)雜，投資成本較高，一套日產(chǎn) 1000 公斤氫氣的天然氣制氫裝置投資約為 800 - 1500 萬元 ；而同等規(guī)模的甲醇制氫裝置投資在 500 - 1000 萬元左右 ，甲醇制氫設(shè)備投資相對(duì)較少。

若電價(jià)為 0.6 元 /kWh ，每生產(chǎn) 1 標(biāo)準(zhǔn)立方米氫氣消耗電量約 5 - 6kWh ，則電費(fèi)成本約為 3 - 3.6 元 ，再加上設(shè)備投資、運(yùn)行維護(hù)等成本，其總成本較高。而甲醇制氫的綜合成本相對(duì)較低。