他沒想到的是，四年級劃分時，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運再一次捉弄了他。
反右運動中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個八個呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

宋以前建筑實物，尤其是住宅全都滅失了，目前所見早的古代住宅是明前期的，再早就只能求諸文獻(xiàn)、繪畫等，其中繪畫是形象資料，尤其重要?，F(xiàn)存宋元繪畫中保存住宅資料豐富的是張擇端的《清明上河圖》和王希孟的《千里江山圖》?！肚迕魃虾訄D》所畫的是北宋汴梁城鄉(xiāng)建筑，以店鋪為主，兼有一部分住宅。畫中對建筑物的構(gòu)造、裝修細(xì)部都有精細(xì)的描繪，但因為畫面取景較近，在表現(xiàn)建筑全景方面就難以兼顧?！肚Ю锝綀D》則能加以補充，它是宋畫中表現(xiàn)住宅和村落全景多的一幅。

封建王朝對住宅有嚴(yán)格的等級規(guī)定，傅熹年將這些規(guī)定與《清明上河圖》《千里江山圖》中所畫的建筑加以比較，發(fā)現(xiàn)大都是吻合的。那些簡單的小房子和孤立的工字形屋子可能是農(nóng)民的住宅，面闊三件、歇山屋頂?shù)目赡苁枪倭抛≌?，沒有三間大門和歇山屋頂?shù)拇笳觿t可能是沒有官職的大地主豪商的住宅或別墅。
傅熹年將這些研究成果用于建筑史中，得到劉敦楨的贊許，他順便撰寫的《王希孟<千里江山圖>中的北宋建筑》等論文也陸續(xù)發(fā)表。
傅熹年作品：元大都大內(nèi)宮殿延春閣復(fù)原圖。
“精神會餐”
每次一有運動，跟“封資修黑貨”打交道的建筑歷史室都是首當(dāng)其沖，右派傅熹年更是在劫難逃。
“文革”開始后，傅家被抄，全家人掃地出門，擠住在大覺胡同一個大雜院中。傅熹年在建筑科學(xué)院做了三年水暖維修工，平日逐戶維修，冬天燒采暖鍋爐。院里的人想要暖和一些，他就把火燒得旺旺的。

有一次，啟功偶然從一個信封里找到幾張“漏網(wǎng)”的敦煌寫經(jīng)殘片照片，與傅熹年同看，說其中一張好，書法秀美瀟灑，毫無職業(yè)寫經(jīng)人的習(xí)氣。
這是一篇寫經(jīng)的發(fā)愿文。文中稱，自己發(fā)愿要寫三千部《妙法蓮華經(jīng)》，以為亡母“太原王妃”祈福。兩人都覺得“太原王妃”眼熟，但一時想不起是誰。
幾天后再見面，啟功高興地說，終于想起來了！武則天之父武士彟死后追贈太原王，太原王妃即武則天的生母楊氏。但武士彟還有其他子女，不能確定要發(fā)愿寫經(jīng)的就是武則天。當(dāng)時無法查資料，這個疑問只能暫時擱置了。
1968年底“清理隊伍”后，傅熹年獲準(zhǔn)回到人民隊伍中，隨全院職工整體下放河南的“五七干校”。之后，建筑研究院被撤銷，人員星散。傅熹年被分配到甘肅天水，在國家建委第七工程局的工程公司為技術(shù)員，再次離開了古建。

這是他次目睹此畫實物。他注意到，位于畫幅右上方的款識“吳興趙孟頫”筆法滯澀，且從構(gòu)圖上看畫幅右方頗顯局促，因而認(rèn)為畫作并非趙孟頫作品，而是經(jīng)過了剪裁，作者原款被裁去，“趙孟頫”的名字是后來添加的。
因為全國需鑒定的書畫作品很多，當(dāng)時商定，鑒定組采取不爭論原則，將不同意見作為附注標(biāo)注。謝辰生只負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)工作，啟功沒有參加這次鑒定，參加的5個中，徐邦達(dá)、楊仁愷、劉九庵3人同意這個意見。后的鑒定意見為，該畫為元人作品，但非趙孟頫所作。
鑒定組在沈陽工作時，也發(fā)生過較大爭論，尤其是對一些畫的年代分歧很大。
1986年后，徐邦達(dá)實際上不參加鑒定了，啟功也經(jīng)常不來，劉九庵和傅熹年不得不負(fù)起主要責(zé)任來，大量的反對意見都是他們倆簽署的。
傅熹年說，并不是每一位都堅持自己主持收購的書畫為真，徐邦達(dá)就很大度，他替故宮收進(jìn)的字畫，如果鑒定組認(rèn)為是假的，他也認(rèn)賬。

傅熹年還回憶，鑒定組開會時，他和劉久庵常坐在一起，互相交談。每次提出反對意見，總有人會問：你說不是他畫（寫）的，那你說是誰畫（寫）的？可能有感于此，一般鑒定時定其真?zhèn)尉蛪蛄耍珓⒕免诌€進(jìn)一步研究偽品，盡可能找出作偽者，如指出多件祝允明書法都是吳應(yīng)卯、文葆光偽作的。劉久庵不但熟悉大名家，還熟悉中小名家，對一些名家的不成功之作，他往往能力排眾議定其為真筆。
巡回鑒定工作于1989年底結(jié)束，共過目全國6萬多件書畫作品。作為鑒定成果，出版了10冊《中國古代書畫目錄》，其中編成24卷彩色《中國古代書畫圖錄》