跨部門溝通與協(xié)作壁壘
體系是系統(tǒng)性的，涉及所有部門。部門墻（Department Silos）是障礙，各部門只關注自身職責，缺乏全局觀和協(xié)同意識。例如，設計部門不考慮環(huán)保和安全，采購部門只追求忽略供應商質量和EHS表現(xiàn)，導致體系流程斷裂。

糾正措施與根本原因分析浮于表面
出現(xiàn)不合格或事件后，習慣于“就事論事”地處理（糾正），而不愿投入精力深入分析根本原因。常用的“5Why”分析流于形式，終將原因歸結為“員工操作失誤”、“培訓不到位”等表面原因，無法制定有效的糾正措施，導致問題重復發(fā)生。

數(shù)據(jù)收集與分析決策能力薄弱
難以建立有效的數(shù)據(jù)收集系統(tǒng)，獲取的數(shù)據(jù)質量差、不完整。更缺乏將數(shù)據(jù)轉化為有用信息的能力，無法運用統(tǒng)計技術分析趨勢、分布和相關性，從而無法為決策提供事實依據(jù)，決策仍依靠經驗直覺，背離了“基于證據(jù)的決策”原則。

知識管理體系的建立與運行
識別、保持和保護組織知識是一個新要求，也是難點。組織知識（如經驗、訣竅、失敗教訓）大多存在于員工頭腦中，隱性知識顯性化困難。缺乏有效的管理機制，導致人員流失即知識流失，組織交學費重蹈覆轍。

多個體系整合的挑戰(zhàn)
組織可能分不同時間建立了質量、環(huán)境、職業(yè)健康安全體系，初是孤立的。整合時面臨文件結構統(tǒng)一、職責協(xié)調、流程對接、審核同步等挑戰(zhàn)，需要高超的策劃和設計能力，否則會變得更為復雜和臃腫。

對“合規(guī)性評價”理解的偏差
將合規(guī)性評價簡單理解為一份法律法規(guī)清單。難點在于如何設計有效的評價方法（如檢查、訪談、測量），系統(tǒng)性地收集證據(jù)，以證明對每一條適用法規(guī)要求的符合性，并保留評價結果的證據(jù)。