產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

為什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基礎(chǔ)。地球上每分鐘大約有300萬噸二氧化碳和110萬噸水可以通過光合作用轉(zhuǎn)化為200萬噸有機物，同時可以釋放210萬噸氧氣。

然而，目前微藻生物柴油的生產(chǎn)成本仍然很高，這是制約其商業(yè)化生產(chǎn)的瓶頸。除了繼續(xù)開發(fā)具有優(yōu)良產(chǎn)油性能的藻類外，還實現(xiàn)微藻生產(chǎn)的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產(chǎn)品，如DHA、類胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘渣用作水產(chǎn)養(yǎng)殖的誘餌。