3 與農(nóng)家肥：
區(qū)別：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵率達到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵率低。
2）生物有機肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區(qū)別：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質(zhì)，能改良土壤促進被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境。

注意事項編輯
雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養(yǎng)分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發(fā)展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養(yǎng)技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產(chǎn)出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質(zhì)、減少環(huán)境污染、增肥增效等。
有機農(nóng)業(yè)中使用的有機肥需經(jīng)過有機認證機構的認證，符合產(chǎn)品的生產(chǎn)標準。近些年來，我國各種生物肥料發(fā)展迅速，年產(chǎn)量達數(shù)十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產(chǎn)效果明顯和為主要特點，它的生產(chǎn)、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農(nóng)作物產(chǎn)量，改善農(nóng)作物品質(zhì)和切實推行農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展都有積極意義。 針對生物肥料在生產(chǎn)、產(chǎn)品質(zhì)量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農(nóng)業(yè)大學高勇生教授，旨在提高農(nóng)村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發(fā)展。

在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區(qū)，農(nóng)人沒有真實知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽。