他沒想到的是，四年級劃分時，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個八個呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。
王其明告訴《中國新聞周刊》，組里有兩個能人，一個尚廓，一個傅熹年，兩個人手下都很有功夫。
建筑科學(xué)院的圖書館搜購了很多建筑方面的書籍，有的是外文原版的。傅熹年提醒王其明，其中有兩前歐洲建筑師到鄉(xiāng)村采風(fēng)所畫的建筑速寫圖冊，還有一本日本的《百棟集》，一百棟住宅每棟都配了一張平面圖、一張剖面圖和一張透視圖，可以參考。王其明深受啟發(fā)，覺得浙江民居調(diào)查也可以這樣做。
傅熹年作品：浙江杭州上天竺民居寫生稿。
王其明說，光畫平面圖、剖面圖不足以顯示建筑物的優(yōu)點(diǎn)，要畫透視圖，傅熹年畫透視圖是一絕?！八谋憩F(xiàn)能力特別強(qiáng)，圖畫得可帥了。他畫的那些民居寫生圖，有遠(yuǎn)有近，有大有小，配上的那些樹也很好。因為他對國畫的見識也比較多，很有才氣的?！?br/>
8月底，期巡回鑒定在北京啟動。在故宮博物院麗景軒鑒定書畫，以“文革”中的抄家文物為主。接下來，先后鑒定了北京市文物局、北京文物總店、中國歷史博物館、首都博物館和故宮博物館所藏書畫。
由于鑒定組大多是高齡老人，鑒定只在春秋兩季進(jìn)行，每次三個月?！肚迕魃虾訄D》《千里江山圖》等名畫當(dāng)然也要過一下眼，過完就趕緊收了，這些都是早已公認(rèn)的國寶。
1985年、1986年上半年，鑒定組移師上海。在上海，發(fā)生了較大的意見分歧。
上海博物館所藏元代名畫中，有一卷題為趙孟頫所繪《百尺梧桐軒圖》。此圖絹本，青綠設(shè)色，畫的是園居閑適之景。圖中一人便服閑坐在梧桐軒中，旁有一童子捧茗，一使者抱琴，高大的梧桐樹環(huán)繞四周。全圖筆法秀雅，設(shè)色工麗。畫后有周伯琦、張紳、倪瓚等七人的題詩，都是元末名家。對此畫是否為趙孟頫所畫，傅熹年提出了不同看法。
這是他次目睹此畫實(shí)物。他注意到，位于畫幅右上方的款識“吳興趙孟頫”筆法滯澀，且從構(gòu)圖上看畫幅右方頗顯局促，因而認(rèn)為畫作并非趙孟頫作品，而是經(jīng)過了剪裁，作者原款被裁去，“趙孟頫”的名字是后來添加的。
因為全國需鑒定的書畫作品很多，當(dāng)時商定，鑒定組采取不爭論原則，將不同意見作為附注標(biāo)注。謝辰生只負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)工作，啟功沒有參加這次鑒定，參加的5個中，徐邦達(dá)、楊仁愷、劉九庵3人同意這個意見。后的鑒定意見為，該畫為元人作品，但非趙孟頫所作。
鑒定組在沈陽工作時，也發(fā)生過較大爭論，尤其是對一些畫的年代分歧很大。
1986年后，徐邦達(dá)實(shí)際上不參加鑒定了，啟功也經(jīng)常不來，劉九庵和傅熹年不得不負(fù)起主要責(zé)任來，大量的反對意見都是他們倆簽署的。
傅熹年說，并不是每一位都堅持自己主持收購的書畫為真，徐邦達(dá)就很大度，他替故宮收進(jìn)的字畫，如果鑒定組認(rèn)為是假的，他也認(rèn)賬。
傅熹年還回憶，鑒定組開會時，他和劉久庵常坐在一起，互相交談。每次提出反對意見，總有人會問：你說不是他畫（寫）的，那你說是誰畫（寫）的？可能有感于此，一般鑒定時定其真?zhèn)尉蛪蛄?，但劉久庵還進(jìn)一步研究偽品，盡可能找出作偽者，如指出多件祝允明書法都是吳應(yīng)卯、文葆光偽作的。劉久庵不但熟悉大名家，還熟悉中小名家，對一些名家的不成功之作，他往往能力排眾議定其為真筆。
巡回鑒定工作于1989年底結(jié)束，共過目全國6萬多件書畫作品。作為鑒定成果，出版了10冊《中國古代書畫目錄》，其中編成24卷彩色《中國古代書畫圖錄》
鑒定工作結(jié)束后，傅熹年偶然翻閱舊筆記，起了對《百尺梧桐軒圖》加以考訂之心。因為這幅繪畫之精雅、題詩諸人的聲名之煊赫都給他留下了深刻的印象，為什么一幅偽作卻會有七位同時代名家為它題跋？
通過研究題詩的內(nèi)容和題詩的時間地點(diǎn)，他判定，畫上的梧桐軒主人應(yīng)是張士誠之弟張士信。當(dāng)時張士誠以富庶的平江（蘇州）為中心割據(jù)江浙11年之久，在遍布全國的元末起義烽煙中，這里成了一個文學(xué)藝術(shù)盛的孤島。傅熹年認(rèn)為，畫的作者應(yīng)是當(dāng)時居留在平江的一位名家，其畫風(fēng)受到趙孟頫的影響。張士誠兵敗身亡后，收藏者不得不裁去原款，偽托趙孟頫所作，實(shí)是為了將畫作保存下來而不是為了欺世盜名。因此，此圖雖非出自趙孟頫，也有特殊的歷史和藝術(shù)價值。
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